Im Detail kann ich deine Fragen nicht beantworten, aber ich versuche es wenigsten zum Teil. Die Redbox heisst so weil die meisten D-143 Bahnen eine Rote Anschlussbox haben, die Mariobahn hat aber vermutlich eine grüne Box so wie sie als einzige auch grüne Weichen hat. Mehr kann ich dazu nicht sagen.
Zum Blinken der roten LED vermute ich mal, dass durch die getrennte Stromversorgung der Weichen dann doch ein Kurzschluss auf die Digitale Anschlussbox gelangen könnte. Da bin ich mir allerdings alles andere als sicher, da ja nur die Schalt Elektronik mit Strom versorgt wird und nicht die Leiterbahnen. Ich hatte dieses Problem nie da wie gesagt beim Analogbetrieb bei mir die "rote Box" vom Strom getrennt wird.
Wird dir wahrscheinlich nicht viel weiter helfen.
Gruss Felix